Duża rozmiar południkowa sprawia, iż Kraj Kwitnącej Wiśni leży do wnętrza zasięgu trzech stref klimatycznych: na południu – zwrotnikowej, w środku części środkowej – podzwrotnikowej, tudzież na północy – umiarkowanej ciepłej. Na strefowość klimatyczną nakłada się egzotyka monsunowy, którego rozciągłość obejmuje wyspy oraz kształtuje nadmorski styl klimatu kraju. Poza wyspami Nansei także południową częścią Kiusiu w środku Japonii jasno zaznaczają się kwartet pory roku. Napływ chłodnych mas powietrza spośród kontynentu azjatyckiego do wnętrza zimie plus ciepłych mas znad Pacyfiku wewnątrz lecie jest przyczyną znacznego zróżnicowania klimatu w środku poszczególnych częściach archipelagu. Przynoszone wskroś północno-zachodni muson zimowy suche również chłodne syberyjskie masy powietrza powyżej Morzem Japońskim ulegają ociepleniu także nasyceniu wilgocią, do wnętrza wyniku czego przynoszą opady na długości całego wybrzeża zachodniego. Na Hokkaido jest dozwolone się spodziewać odkąd -6 aż do -10°C, na Honsiu odkąd -4 aż do 0°C, wokół 6°C na Kiusiu także 14-16°C na w najwyższym stopniu wysuniętych na środek dnia wyspach Nansei. W okresie zimowym na północy Japonii wielokrotnie występują opady śniegu, oraz wody Morza Ochockiego pokrywają się lodem. W tym czasie południowe żebro Oceanu Spokojnego ma pogodę suchą dodatkowo słoneczną. W okresie zimy łagodząco na koloryt wysp południowych wpływa serdeczny Prąd Kuro Siwo również jego odnoga wchodzące na Morze Japońskie – Prąd Cuszimski. Dzięki wpływom tego prądu warstwa chłopska na Kiusiu mogą do wnętrza zimie hodować zboża.
Pod skrajność marca, jak słabnie wyżyna azjatycki, tendencja wiatru ulega zmianie oraz ponad Japonię zaczyna wchodzić wilgotne oraz ciepłe atmosfera znad Pacyfiku. Powoduje owo wyraźne rozmaitość warunków klimatycznych północy dodatkowo południa kraju. Cały powierzchnia kraju, ułożenie ciała Hokkaido, znajduje się wobec tego wewnątrz zasięgu wyżu ochockiego. Od początku kwietnia na południowym Honsiu aż do połowy maja na Hokkaido trwa skostniały trudne dni kwitnienia wiśni. Na przełomie czerwca oraz lipca kształtuje się na północy kraju stacjonarny płaskowyż spośród bezwietrzną pogodą, wysoką wilgotnością powietrza również ulewnymi opadami zwanymi "śliwkowymi" deszczami. Z chwilą odsunięcia się ochockich mas na północ, Kraj Kwitnącej Wiśni wchodzi w środku rozciągłość oddziaływania pacyficznych mas powietrza, rozpoczyna się gorące również wilgotne lato, spośród dużą ilością mgieł w środku południowo-wschodniej części kraju, w tym miejscu dokąd stykają się wody prądów zimnego Oja Siwo plus ciepłego Kuro Siwo. Latem, kiedy wieje serdeczny również przesiąknięty wodą muson spośród południowego wschodu, amplitudy temperatur stają się mniejsze, od momentu 28°C na południu aż do 18-20°C na północy. W górach obojętnie od chwili pory roku, gorączka spada pospołu spośród wysokością, statystycznie o 0,6°C co 100 m. Średnia liczba opadów wzrasta spośród północy na środek dnia oraz wynosi odkąd 800-1500 mm na Hokkaido aż do 2000-3000 mm na wyspach Nansei.
Jesienią, jak jeszcze raz zmienia się obieg Wyspy Japońskie nawiedzają tajfuny (ok. 20 rocznie). Powstające ponad wodami Oceanu Spokojnego cyklony tropikalne, wywołują ogromne zniszczenia, oraz towarzyszące im obfite opady są przyczyną licznych powodzi.