Lasy pokrywają przeszło 60% powierzchni kraju. W kilku miejscach jest owo wegetacja pierwotna. W całej Japonii rosną lasy bambusowe dostarczające drewna plus pożywienia (korzenie są jadalne). Podobnie do wnętrza całym kraju rosną drzewa wiśni sakura i śliwy, których wiosenne kwitnienie przyciąga rzesze ludzi na tradycyjne hanami. Z uwagi na zasięg południkową na obszarze Japonii jest dozwolone uhonorować strefy roślinne. Jednocześnie do wnętrza górach zaznacza się piętrowy uporządkowanie roślinności. Najdalej na południe, wewnątrz pobliżu równika, na wyspach Nansei, Ogasawara, Kazan rosną wilgotne lasy równikowe spośród drzewiastymi paprociami, drzewem kamforowym, palmami plus morwami. Na południu kraju, na obszarze o średniej rocznej temperaturze powietrza 13-21°C (Kiusiu, Sikoku), występują dozgonnie cannabis lasy podzwrotnikowe, wewnątrz których rosną 2000-letnie cedry japońskie, dęby shii dodatkowo kashi, jodły momi plus sosny japońskie. Na Kiusiu lasy podzwrotnikowe rosną aż do wysokości 1000 m.
Lasy mieszane, spośród przewagą liściastych, rosną na terenach, dokąd przeciętna roczna wysoka temperatura powietrza wynosi 6-13°C, zaś wobec tego na Kiusiu nad 1000 m, do wnętrza środkowej części Honsiu pośród 1500, i 2700 m, zaś wewnątrz części północnej na wysokości 1400 m, na Hokkaido lasy mieszane sięgają aż do 700 m. W lasach tych rosną buki, brzozy, dęby w środku tym białe, kasztany karłowate, magnolie również różne gatunki klonów. Na obszarach ze średnią temperaturą powietrza wobec 6°C rosną subarktyczne lasy mieszane czy iglaste, ze świerkiem syberyjskim, świerkiem yesso, jodłą sakhalan, jodłą syberyjską i jodłą niebieską. Ponad piętrem lasów występują sosna karłowata, krzewy również wegetacja alpejska. Azalie, hortensje również irysy kwitną wiosną, tudzież chryzantemy jesienią, więc również czerwienieją klony.