Wiele zwierząt spotykanych na Honsiu, Sikoku oraz Kiusiu spotyka się w środku innych rejonach o umiarkowanym klimacie na półkuli północnej. Należą aż do nich niedźwiedzie brunatne, łasice, dziki, zające, sarny, jelenie wschodnie również ptaki, takie jako bażanty, jastrzębie, kaczki plus żurawie. Występuje w tym miejscu ponadto bez liku gatunków płazów plus gadów, natomiast między nich żółwie, jaszczurki, węże – spośród gatunkami jadowitymi habu oraz mamushi. Do unikatowych powinno się salamandra olbrzymia żyjąca na Honsiu plus Kiusiu, osiągająca 1,5 m długości. Innymi specyficznym przedstawicielem japońskiej fauny jest makak japoński. Żyjące w środku górnych partiach ośnieżonego Tōhoku, przystosowane aż do panujących w tym miejscu warunków makaki są najpóźniej na godzina dwunasta żyjącym gatunkiem małp. Do endemitów należą podobnie kot spośród Iriomote także szarak amami
Wśród zwierząt na subarktycznym Hokkaido spotyka się sobole również czerwone lisy również wspomniane niedźwiedzie brunatne. Tutejsze niedźwiedzie są niespełna podwójnie większe od czasu swoich wysoce łagodniejszych kuzynów spośród Honsiu. Na wyspach sezonowo pojawia się mrowie owadów, takich jak: komary, karaluchy również robaczki świętojańskie. W Japonii występuje 150 gatunków ptaków śpiewających. Na większości wybrzeża panują albatrosy również kormorany. Na wschód słońca od momentu przylądka Inubo znajdują się bogate łowiska dorsza, łososia także licznych skorupiaków. Popularnym gatunkiem hodowlanym japońskiej ichtiofauny jest karp koi. Częste polowania również kasata naturalnych siedlisk z racji urbanizacji powodują stałe zmniejszanie się liczby zwierząt plus ptaków. Ochrona wprowadzona na wskroś Ministerstwo Środowiska do wnętrza latach 80 obejmuje 136 zagrożonych gatunków.